・グラフィックが3Dに進化。

・成長システムが、Lv制から戦闘中に成長するタイプに（ロマサガ式）。

・サガ2でも採用された、「シナリオ・シンクロ・システム」を引き続き採用。

・時空間をワープ可能な戦闘機「ステスロス」や、時間を操る装置「タイムズ・ギア」の登場。
　戦闘で勝利するなどして、「タイムズ・ギアポイント」を溜めると、
　シナリオ・シンクロ・システムで新たな選択肢が現れる模様。
　また、タイムズ・ギアは、戦闘中に使うことで、何らかの効果を得られることができるみたいです。

・台詞が一切なかったポルナレフ、ミルフィーに台詞が用意されている。

・イージー・ノーマル・ハードの難易度設定が可能になった。

・よしもと、カブキモノ、テロリスト、やぶいしゃ、かんごふ、ミッキーがいない。